和本科一批不同的是，本科二批缺额较多的高校基本都是民办院校，民办院校社会认同度低，报考热度远不如公办，不少民办院校经常出现招生爆冷的现象，甚至经过多轮征集志愿，招生计划仍有大量余额。
根据云南省教育考试院公布的本科二批第二次征集志愿信息显示，省内高校中还有20所未招满（不含民族预科班），共计缺额人数达余人。
从院校类型来看，未招满的公办院校有12所，比如云南民族大学、云南农业大学、昆明学院、玉溪师范学院等等，不过这12所院校缺额人数较少，只有人，其中包含云南农业大学的43个中外合作办学专业招生名额，如果不算中外合作办学专业的话，这12所公办院校缺额人数就更少了，通过本次征集志愿后应该都能完成招生计划。
尴尬的是，未招满的民办学院虽然只有8所，但缺额人数比较多，其中有3所生源严重不足，分别是云南工商学院、丽江文化旅游学院、昆明城市学院，仅这3所高校的缺额人数就超过了人，下面就来具体介绍一下。
云南工商学院前身为云南爱因森软件职业学院，年升格为本科院校，并更名为现名。往年数据显示，该校的招生计划主要以专科为主，在省内投放的本科招生名额大概在三四千人左右，涉及车辆工程、物联网工程、机械电子工程、土木工程、会计学等30多个本科招生专业，最低学费为每生每学年2.28万元。
值得注意的是，很多公办院校开设的软件工程、物联网工程、电气工程等工科专业是不招收文史类考生的，但云南工商学院几乎所有的本科专业文科生理科生都可以报考。
云南本科二批第二次补录信息显示，云南工商学院在省内差不多有三分之一的招生计划都未完成，共计缺额人，其中文史类人、理工类人。从专业上来看，有3个专业缺额人数超百人，分别为文史类护理学专业缺额人、文史类汉语言文学专业缺额人，文史类小学教育专业缺额人。
缺额人数超千人的还有丽江文化旅游学院，该校以前有一个很高大上的名字——云南大学旅游文化学院，不过在年转设为民办高校丽江文化旅游学院。在今年的本科二批第二次征集志愿中，丽江文化旅游学院缺额人，其中文史类人、理工类人，有一种改名之后报考热度一落千丈的意思。
丽江文化旅游学院发布的本科招生计划显示，该校今年在省内投放了个招生名额，然而经过一轮征集志愿后，仍有半数的招生计划未完成。值得注意的是，该校虽然是一所很普通的民办院校，但招生省份多达30个，今年在不少省份都出现了大量缺额的现象，而在云南省内的征集志愿中应该包含有调增的计划，比如该校在一些省份多轮征集志愿后仍未招满，就把剩余的招生计划调整到云南省内，这可能也是丽江文化旅游学院在省内二次征集志愿仍有大量缺额的一方面因素。
昆明城市学院前身为云南师范大学商学院，同样是在年转设而来，每年在省内的本科招生计划也就在人左右。云南本科二批第二次征集志愿信息显示，昆明城市学院招生计划剩余个，其中文史类人、理工类个，缺额人数较多的专业有理工类计算科学与技术（缺额人），理工类法学专业（缺额86人），理工类学前教育专业（缺额84人）。
除了以上3所民办高校外，云南本科二批二次补录缺额超百人的还有昆明理工大学津桥学院、云南经济管理学院、云南大学滇池学院、昆明文理学院和云南艺术学院文华学院。